Главред проверка текста на уникальность: Справочник Главреда

Пишем правильный текст — Расширение Главред

Хочу рассказать вам, как проверить текст, который вы написали для своего блога или поста во ВКонтакте.
Вы знаете, что есть много сервисов, программ, плагинов, для проверки текстов на читаемость, на уникальность и т.п.

Я вам покажу самый простой и быстрый способ, для проверки и моментального исправления текста. Предлагаю сервис Главред.

Вы можете проверять текст прямо на сервисе, а можно проверить текст, с помощью расширения для браузера, об этом чуть позже.

Сервис Главред

Переходим по ссылке и попадаем на сервис для проверки текста Главред. Простой не прихотливый дизайн, но с очень полезными функциями.

Для проверки текста, его нужно скопировать и вставить в окно. если вы не можете этого сделать, нажмите кнопку справа, Вставить пример. После, удалите пример и вставьте свой текст.

Проверка текста

В окне, через пару секунд появится текст, который вы вставили. Отдельные слова будут выделены цветом. Это слова, которые нужно удалить, если это «не испортит» текст или заменить.

Если выделить слово которое отмечено цветом, справа появится панель с подсказками (4). Нужно будет, как я писал выше, заменить или удалить слово.

(1) — Баллы по шкале Главреда (7.5-8, это хорошо)

(2) – Сколько предложений, слов и знаков в этом тексте

(3) – Стоп слова в этом тексте

Стоп-слова — это фразы и слова, которые не несут смысловой нагрузки и затрудняют индексирование страницы поисковыми системами.

Вверху окна имеется 2 вкладки:

• Чистота (от слова чисто)
• Читаемость (читабельность)

Переключаясь в ту или иную вкладку, мы видим соответствующие значения.

Расширения для браузера

Проверять текст можно при помощи расширения, которое нужно установить в браузер. Есть два пути установки расширения.

Путь первый. Заходим в магазин расширений (показываю на Google Chrome) и в строке поиска вводим Главред и нажимаем Enter.

Жмем кнопку Установить, расширение установлено.

В правом верхнем углу браузера появится значок Главред.

Путь второй. На сайте Главред, в низу есть панель меню, нам нужен пункт Приложение, кликаем по нему.

В следующем окне вы увидите такую панель. Нас интересует Google Chrome и WordPress.

Google Chrome – это установка расширения в браузер Chrome, а
WordPress – это установка плагина на WordPress, точнее, по этой ссылке можно скачать плагин, а потом установить.

Установку расширения мы рассмотрели выше, а о плагине для WordPress, я вам сейчас расскажу.

Кликните по значку WordPress и скачайте плагин себе на компьютер. Установка плагина стандартная (не знаете, как установить плагин, Google вам в помощь).

Можете почитать статью у меня на блоге, «WordPress шорткод. Плагин Shortcodes Ultimate», где описана установка плагина.

Как работать с расширением

Для того, чтобы проверить текст, его нужно выделить, а потом кликнуть по иконке (1) в верхней панели браузера.

Если вы скопировали текст в браузере, то он сразу появится в окне редактора. Однако может быть такая ситуация, вы скопировали текст из документа, но текст не появился в окне редактора.

Поставьте курсор в конец текста и нажмите Enter (2). Подождите несколько минут, пока текст проходит проверку.

Если текст всё равно не проверяется, нажмите
Отправить в Главред (3).

После установки плагина, откройте в редакторе WordPress, какую-нибудь запись. В меню редактора, должен появится значок Главред. Для проверки текста, кликните по значку, чтобы включить проверку текста. Для отключения проверки, ещё раз кликните по значку.

Если статья понравилась, поделиться с друзьями, кликнув по любому значку внизу.
Так же жду ваших комментариев.

С уважением, Сергей Бурдин

Издательская этика для журналов

Bosch X, Hernández C, Pericas, JM, Doti P, Maruić A, Misconduct Policies in High Impact Biomedical Journals, PLoS One (2012), 7 (12) декабря: e51928

Комитет COPE Этика публикаций

Совет научных редакторов, Белая книга CSE о содействии добросовестности в публикациях научных журналов, 2012 г.

Совет научных редакторов, Белая книга CSE о содействии добросовестности в публикациях научных журналов, 2012 г., 3.4 Цифровые изображения и неправомерные действия

Fanelli D , Сколько ученых сфабриковывают и фальсифицируют исследования? Систематический обзор и метаанализ данных опроса, PLoS ONE (2009), 4 мая (5): e5738

Fang FC, Steen GR, Casadevall A, Нарушение норм поведения составляет большинство отозванных научных публикаций, Proceedings of the National Academy наук, 1 октября 2012 г., DOI: 10.1073 / pnas.1212247109

Росснер М., Ямада К.М., Что на картинке? Соблазн манипуляции изображениями, Журнал клеточной биологии (2004), июль 166 (1): 11-15

Руководство Springer по интерпретации результатов с помощью программного обеспечения iThenticate

The Office of Research Integrity, Newsletter, Volume 21, No. .1, декабрь 2012 г.

Управление целостности исследований, ORI «Образцы судебно-медицинских изображений» для быстрой проверки научных изображений

Управление целостности исследований, предотвращение плагиата, самоплагиата и других сомнительных методов написания: руководство по этическое письмо

The Scientific Research Society, Inc, Honor in Science, 1986, США

The Scientific Research Society, Inc, Ответственный исследователь: Пути и ловушки, 1999, США

Van Noorden R, Проблема с опровержениями, Опубликовано онлайн 5 октября 2011 г., Nature 478, 26-28 (2011), DOI: 10.1038 / 478026a

Ставка E. Как редакторы должны реагировать на плагиат? Дискуссионный документ COPE, 26 апреля 2011 г.

Wager E, Barbour V, Yentis S, Kleinert S, Retractions: Guidance from the Committee on Publication Ethics, Croatian Medical Journal (2009), 50 (6) декабря: 532-535

WAME Всемирная ассоциация медицинских редакторов, Политика публикации медицинских журналов

Каков допустимый процент плагиата?

По умолчанию отчет о плагиате показывает сходство только из 9 слов или более.

Вы можете изменить минимальную длину подобия самостоятельно, чтобы исключить небольшие совпадения из отчета о плагиате.

Какое значение лучше всего подходит для параметра «Исключить небольшие совпадения»?

Идеальная минимальная длина сходства зависит от случая. В целом, мы считаем, что установка минимума в 8 слов приводит к слишком большому количеству мелких сходств, которые вряд ли могут быть плагиатом. Поэтому по умолчанию установлено значение 9.

Однако, если вы считаете, что ваш документ содержит много мелких сходств, которые не являются плагиатом (например, эти), вы можете попробовать изменить настройку на 10 или 11, чтобы получить более точное представление о потенциальном плагиате в вашем документе.

Будьте осторожны , так как увеличение числа может скрыть потенциальный плагиат в вашем отчете.

Как я могу изменить настройку «Исключить небольшие совпадения»?

1) Щелкните значок шестеренки в правом верхнем углу отчета о плагиате

2) Введите желаемую минимальную длину сходства

3) Нажмите «Готово», чтобы вернуться к «Обзор источников».

Когда мне следует изменить значение «Исключить небольшие совпадения»?

Для большинства людей нет необходимости изменять это значение.Однако, если вам нужен больший контроль над сходствами, показанными в вашем отчете, и вы думаете, что большая часть небольших сходств не имеет отношения к делу, вы можете увеличить это число.

Будьте осторожны, так как увеличение этого числа может скрыть потенциальный плагиат в вашем отчете. Уменьшать значение не рекомендуется.

Что произойдет, если вы уменьшите «Исключить небольшие матчи»?

Если вы уменьшите это число, в отчет будут включены более короткие сходства.Это означает, что вы увидите больше сходства и более высокий процент сходства.

Однако большая часть этих дополнительных сходств вряд ли может быть плагиатом. Короткое сходство часто является результатом общих фраз, которые встречаются во многих разных источниках.

Что произойдет, если вы увеличите «Исключить небольшие матчи»?

Если вы увеличите это число, в отчет будут включены только более длинные сходства. Это означает, что вы увидите меньше сходства и более низкий процент сходства.

Так как сходства больше, то сходства, которые вы сейчас видите, с большей вероятностью являются плагиатом.

Однако, исключив более мелкие сходства, вы можете пропустить некоторые примеры потенциального плагиата.

Какие бывают типы редактирования?

Линия редактирования

(Также называется: стилистическое редактирование или всестороннее редактирование.)

Как следует из названия, линейный редактор выполняет построчное рецензирование вашей рукописи. До этого момента редакторы работали над вашей рукописью на высоком уровне — либо на макроуровне, на котором они рассматривают всю книгу, либо на уровне главы и абзаца.

Линейный редактор подпрыгивает к рукописи обеими ногами, обеспечивая наиболее подробное редактирование, которое вы можете получить. Обратите внимание, что я не сказал «всеобъемлющий». Отличный линейный редактор заставит вашу прозу петь, но если ваш контент не структурирован должным образом, это не имеет значения.

Вот почему важно не торопиться с построчным редактированием, пока ваша книга не будет иметь надлежащую структуру и организацию, а ваш контент не будет там, где он должен быть.

Линейный редактор упал в кусты, поэтому они не смотрят на общую картину.Они сосредотачиваются на выборе слов и на том, имеет ли каждое предложение желаемое воздействие.

Как и другие редакторы, они сосредотачиваются на потоке вашей книги, но их больше заботит то, как каждое слово в предложении взаимодействует с другими и как предложения переходят друг в друга.

Линейные редакторы указывают на бесконечные предложения, фрагменты предложений и клише. Они помогают прояснить смысл, избавиться от жаргона и убедиться, что каждое предложение звучит правильно в сознании читателя.

Они также противодействуют естественной склонности многих из нас к многословности, сужая ваши предложения и помогая вам выразить пятью словами то, что вы изначально сказали в пятнадцати.

Линейный редактор заботится не столько об ошибках, сколько о словах, которые вы используете для общения со своим читателем. Они хотят, чтобы ваши тексты были краткими, простыми, лаконичными и касались читателя — основных принципов написания большой научной литературы.

Тем не менее, линейный редактор может выполнять обязанности редактора, но это не данность. Если вам нужен редактор, который может предоставить такого рода комплексные услуги, уточните это желание заранее.

Процесс оценки и критерии отбора Web of Science Journal

Процесс курирования Web of Science Core Collection ™ уникален: наши редакционные решения принимаются нашими штатными опытными редакторами, которые не связаны с издательскими домами или исследовательскими институтами, что устраняет любую потенциальную предвзятость или конфликт интересов.

Каждый редактор специализируется на определенных предметных категориях, что позволяет им получить глубокие, тонкие знания о журналах в этой области. Этот уровень внутреннего редакционного контроля резко контрастирует с методами, используемыми для создания других баз данных, которые полагаются преимущественно на алгоритмические подходы и / или делегируют аспекты принятия редакционных решений исследовательскому сообществу.

Основные принципы нашего процесса отбора остаются неизменными: объективность, избирательность и динамика сбора.Мы используем единый набор из 28 критериев для оценки журналов; они разделены на 24 критерия качества, предназначенных для выбора редакционной строгости и передовой практики на уровне журнала, и четыре критерия воздействия, разработанные для отбора наиболее влиятельных журналов в своих соответствующих областях с использованием активности цитирования в качестве основного индикатора воздействия.

журналов, отвечающих критериям качества, входят в рейтинг Emerging Sources Citation Index ™ (ESCI). Журналы, отвечающие дополнительным критериям воздействия, входят в список Science Citation Index Expanded ™ (SCIE), Social Sciences Citation Index ™ (SSCI) или Arts & Humanities Citation Index (AHCI) в зависимости от их предметной области.

Это динамические коллекции, подлежащие постоянному контролю, чтобы гарантировать, что журналы находятся в соответствующей коллекции. Журналы ESCI, пользующиеся успехом, переходят в SCIE, SSCI или AHCI. Точно так же журналы SCIE, SSCI и AHCI, которые уменьшают влияние, переходят в ESCI. Любой журнал, не отвечающий 24 критериям качества, будет удален из Web of Science Core Collection. Журналы в ESCI повторно оцениваются на предмет возможного включения в SCIE, SSCI или AHCI, когда их цитируемость указывает на то, что критерии воздействия могут быть выполнены, независимо от времени, прошедшего с момента их последней оценки.Наша текущая стратегия заключается в переоценке журналов ESCI, которые относятся к верхней половине соответствующей флагманской категории. В этом процессе журналы сначала переоцениваются на предмет качества, а оценка воздействия зависит от качества. Если критерии качества и воздействия соблюдены, журналы переходят во флагманскую коллекцию. Редакционная группа Web of Science в течение первой половины года уделяет внимание новым оценкам, вторая половина посвящена повторным оценкам. Журналы, на которые распространяется покрытие, постоянно проходят оценку качества.

Если пользователи или наши штатные редакторы высказывают опасения относительно проиндексированного журнала, журнал будет переоценен в соответствии с нашими критериями отбора. Если возникают серьезные опасения по поводу качества публикуемого журналом контента, новый контент не будет индексироваться в ходе повторной оценки. Когда оценка будет завершена, издатель будет проинформирован о результате, и журнал будет либо:

• удаляется из зоны действия, если она больше не соответствует критериям качества
• или останется под защитой, если он продолжает соответствовать критериям качества.

Если журнал соответствует критериям качества, все недостающее содержимое будет проиндексировано. Если журнал снимается с освещения, содержимое не заполняется. В наиболее серьезных случаях нарушения редакционных стандартов журнала, определенных нашими критериями отбора, опубликованный контент может быть удален из Web of Science ™. Сроки проведения повторной оценки будут зависеть от конкретных обстоятельств каждого дела.

Журналы

• Расширенный индекс научного цитирования (SCIE) : клинические, естественные и прикладные науки
• Индекс цитирования социальных наук (SSCI) : социальные науки
• Индекс цитирования в области искусства и гуманитарных наук (AHCI) : искусство и гуманитарные науки
• Индекс цитирования новых источников (ESCI) : все дисциплины

Книги

• Индекс цитирования книги (BKCI) : все дисциплины

Материалы конференции

• Индекс цитирования материалов конференции (CPCI) : все дисциплины

Лабораторная диагностика COVID-19: текущие проблемы и проблемы

ТЕКСТ

Идентификация U.Представители органов общественного здравоохранения S. о предполагаемых случаях COVID-19, предположительно связанных с передачей этой инфекции в сообществе, особо подчеркивают важность лабораторной диагностики инфекции, вызванной тяжелым острым респираторным синдромом коронавирусом 2 (SARS-CoV-2) (1 –5). Текущие рекомендации CDC по лабораторной диагностике COVID-19 заключаются в том, что клиницисты координируют это тестирование с местными органами здравоохранения и / или CDC. Предпочтительным методом тестирования является тест с обратной транскрипцией в реальном времени (ОТ-ПЦР) (6–8), аналогичный тому, который был разработан для диагностики SARS-CoV (9, 10).Вирусные культуры не рекомендуются. В этом комментарии рассматриваются текущие вопросы лабораторной диагностики COVID-19, которые должны быть поняты клиницистами, лабораториями клинической микробиологии и органами общественного здравоохранения.

Преаналитические вопросы. (i) Первичный сбор образцов дыхательных путей для диагностики и скрининга пациентов с пневмонией COVID-19. В течение 5–6 дней после появления симптомов у пациентов с COVID-19 наблюдается высокая вирусная нагрузка в верхних и нижних дыхательных путях (11–14).Мазок из носоглотки (NP) и / или мазок из ротоглотки (OP) часто рекомендуется для скрининга или диагностики ранней инфекции (9, 12, 15). Отдельный тампон NP стал предпочтительным тампоном, поскольку он лучше переносится пациентом и безопаснее для оператора. Мазки NP имеют неотъемлемый контроль качества, так как они обычно попадают в нужную область для тестирования в полости носа. Wang et al. только что сообщили, что тампоны OP ( n = 398) использовались гораздо чаще, чем мазки из носа ( n = 8) в Китае во время вспышки COVID-19; однако РНК SARS-CoV-2 была обнаружена только в 32% мазков OP, что было значительно ниже, чем уровень в мазках из носа (63%) (16).Хотя сбор / тестирование мазков из носа и OP, либо в виде независимых образцов, либо вместе в одной аликвоте вирусной транспортной среды, может быть привлекательным вариантом при нормальных обстоятельствах, учреждения также должны учитывать потенциальный стресс, который эта пандемия создает для национальных / международных организаций. каналы поставок. В этом свете еще одна веская причина ограничить тестирование тампонов с NP — продлить запасы флокированных тампонов и / или транспортных сред. Однако по мере того, как мы больше понимаем респираторные и оральные контактные пути передачи, мы можем узнать, что пациенты с фарингитом в качестве доминирующего начального симптома могут быть адекватно взяты через OP-путь.

Чтобы правильно получить образец тампона NP, тампон необходимо ввести глубоко в носовую полость. Пациенты, скорее всего, вздрогнут, но это означает, что мазок попал в цель. Тампоны следует держать на месте в течение 10 с при трехкратном покручивании. Тампоны должны иметь ворсистые нетоксичные синтетические волокна, такие как полиэстер, а также ручки из синтетического нейлона (17). Сбор образца мазка NP / OP может нести теоретический риск передачи SARS-CoV-2, особенно если будет продемонстрирована передача по воздуху, поскольку расследование вспышки COVID-19 продолжается (18).Если средства индивидуальной защиты (СИЗ) не могут быть использованы из-за нехватки таких средств индивидуальной защиты, потребуются другие средства сбора образцов из верхних дыхательных путей (18). Одним из альтернативных вариантов сбора пробы из верхних дыхательных путей для оценки пациентов с подозрением на пневмонию COVID-19 является самостоятельный сбор пробы слюны (19–22). Если поставки тампонов станут недостаточными, другие неблокированные тампоны и транспортные среды были одобрены Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) в соответствии с разрешением на использование в чрезвычайных ситуациях (EUA), но прямые сравнения в настоящее время отсутствуют.

После сбора мазки следует поместить в вирусную (универсальную) транспортную среду для быстрой транспортировки в лабораторию клинической микробиологии, в идеале в условиях охлаждения (17). Однако следует отметить, что в некоторых случаях слюна / NP / OP могут пропускать раннюю инфекцию и что при более позднем инфицировании основной сайт репликации может сместиться в нижние дыхательные пути. Может потребоваться повторное тестирование или получение образцов из нижних дыхательных путей. Кроме того, необходимо исключить другие респираторные вирусные патогены, такие как грипп и респираторно-синцитиальные вирусы.Во многих отношениях COVID-19 подчеркивает ключевое различие между аналитической и клинической чувствительностью, то есть способность анализа выявлять патоген, когда он присутствует в клиническом образце, по сравнению со способностью теста определять общий инфицированный статус пациента. . Последнее, конечно, отражает различные другие факторы, которые включают место образца и метод сбора, в сочетании с нагрузкой на организм в зависимости от анатомического местоположения, тяжести заболевания и симптоматики во времени (и вариабельности этих факторов от человека к человеку). ).Повторное обследование может быть особенно важно, если у пациента есть клиническая картина вирусной пневмонии, история потенциального заражения и / или рентгенологические данные (компьютерная томография грудной клетки [КТ] или магнитно-резонансная томография [МРТ]), соответствующие пневмонии COVID-19. Столь же сложным является вопрос о том, как результаты одного необнаруженного результата должны влиять на решения относительно карантина пациентов и социального дистанцирования, особенно когда пациенты сами являются поставщиками медицинских услуг (включая персонал клинической лаборатории).В таких ситуациях может помочь серология, о которой говорилось в постаналитическом разделе.

(ii) Позднее выявление и наблюдение за пациентами с тяжелой пневмонией COVID-19. В идеале для сбора образцов из нижних дыхательных путей следует использовать забор мокроты или бронхоальвеолярный лаваж, поскольку они дают самые высокие вирусные нагрузки для диагностики COVID-19 (18, 23). Недавнее исследование показало, что образцы жидкости из бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ) показали самый высокий уровень РНК SARS-CoV-2, хотя это исследование не сравнивало / не оценивало результаты мазков из NP (16).Пациентам с тяжелой пневмонией и острым респираторным дистресс-синдромом может потребоваться экстренная интубация, а также респираторная изоляция в палате с отрицательным давлением. Если возможно, во время процедуры интубации следует собрать образец мокроты из нижних дыхательных путей. В качестве альтернативы образцы мокроты и / или жидкости бронхоальвеолярного лаважа можно собирать после интубации (9, 11).

Однако некоторые пациенты с пневмонией COVID-19 продемонстрировали высокую вирусную нагрузку РНК SARS-CoV-2 в фекалиях (24, 25), а также замедленное выделение из дыхательных путей (4, 18) на поздних стадиях их клинического течения. .Поражение кишечника ранее наблюдалось у пациентов с тяжелой новой коронавирусной инфекцией (9, 26–32). В четырех таких исследованиях коронавирус SARS был выделен из культур стула (26, 28, 31). В другом исследовании коронавирус SARS был продемонстрирован внутри энтероцитов с помощью электронной микроскопии (30). Таким образом, помимо прямого отбора респираторных проб, предпочтительным методом выявления SARS-CoV-2 в запущенных случаях COVID-19 может быть ректальный мазок и ОТ-ПЦР в реальном времени (9, 26–28, 30–32).

(iii) Меры безопасности при обработке образцов для обработки и тестирования ПЦР. Обработка респираторных образцов должна производиться в шкафу биологической безопасности класса II (6, 9, 10), хотя некоторые лаборатории утверждают, что следует использовать рабочие процедуры уровня биобезопасности три (BSL-3) и что шкаф безопасности должен находиться в помещение с отрицательным давлением в лаборатории, такое как та, которая используется для микобактериальных культур. Для экстракции нуклеиновой кислоты перед проведением ОТ-ПЦР в реальном времени образец следует перенести в буфер для лизиса под этим шкафом BSL-2. Буфер для лизиса должен содержать инактивирующий агент на основе гуанидиния, а также неденатурирующий детергент.Действительно, буферы, входящие в обычные коммерческие платформы экстракции, такие как bioMérieux easyMAG или Qiagen EZ1, действительно содержат гуанидий / детергенты и способны инактивировать любой жизнеспособный коронавирус (33–35). Аналогичным образом универсальная транспортная среда, содержащая соль гуанидиния, доступна от Merlin Biomedical (Сямэнь, Китай) (http://www.chinamerlin.com/en/index.php?p=products_show&id=166&s_id=&c_id=68&lanmu=2). Поскольку этот тест является методом обратной транскрипции, слюна / мазки, используемые для сбора клинических образцов, должны быть быстро добавлены в буфер для лизиса, чтобы дезинфицировать образец, а также остановить деградацию РНК коронавируса (6, 9, 10).Клинические образцы / тампоны не следует нагревать до 56 ° C в течение 30 минут, поскольку данные свидетельствуют о том, что этот процесс также может разрушать РНК коронавируса, даже если он инактивирует жизнеспособный коронавирус (9, 36).

Более того, замкнутые системы, объединяющие экстракцию, амплификацию и обнаружение нуклеиновых кислот, такие как ID NOW (Эбботт, Сан-Диего, Калифорния) (37, 38), cobas Liat (Roche Molecular Systems, Плезантон, Калифорния) и GeneXpert ( Cepheid, Sunnyvale, CA) (39), когда они доступны и соответствуют местным нормативным требованиям для тестирования SARS-CoV-2, будут очень полезны.После того, как клинический образец в вирусной транспортной среде переносится в картридж в шкафу биобезопасности класса II, картридж герметично закрывается. Многие из этих герметичных устройств с произвольным доступом подходят для тестирования в местных больницах и клиниках без шкафов биобезопасности. В этой ситуации сборщик образцов в соответствующем защитном снаряжении (брызговик / очки, маска, перчатки и одноразовый лабораторный халат) может напрямую переносить образец в картриджи для обнаружения у постели больного или в месте без бокса биобезопасности класса II, а также в закрытом помещении. Картридж можно было безопасно поместить на инструмент для тестирования.Однако следует избегать разливов транспортного раствора во время переноса на эти испытания с использованием картриджей, и в случае их возникновения следует провести надлежащую дезактивацию.

Аналитические вопросы. (i) Выбор анализа. Иммуноанализ был разработан для быстрого обнаружения антигенов или антител SARS-CoV-2. Эти быстрые иммуноанализаторы в месте оказания медицинской помощи, как правило, представляют собой тесты с латеральным потоком, но версии иммуноанализаторов с высокой пропускной способностью также находятся в разработке для скрининга на уровне популяции.Такие анализы бокового потока были разработаны для обнаружения антигенов, таких как вирус SARS-CoV-2, или для обнаружения антител (IgM и IgG) против COVID-19.

Быстрые анализы бокового потока антигена теоретически дадут преимущество быстрого получения результатов и недорогого обнаружения SARS-CoV-2, но, вероятно, страдают от низкой чувствительности на ранней стадии заражения, исходя из опыта использования этого метода для гриппа (Грипп) вирусы (40–44). Моноклональные антитела, специфические против SARS-CoV-2, находятся в стадии разработки, и в настоящее время разрабатывается несколько быстрых анализов антигенов (45).Есть опасения, что, учитывая вариабельность вирусной нагрузки у пациентов с COVID-19, при обнаружении антигена случаи могут быть пропущены из-за низкой инфекционной нагрузки или вариабельности выборки.

Серология измеряет реакцию хозяина на инфекцию и является косвенным показателем инфекции, который лучше всего использовать ретроспективно. Серологические методы быстро развиваются и доказали свою полезность в подтверждении наличия COVID-19 в прошлом (25). Ранее серология играла важную роль в эпидемиологии SARS (46) и других вспышек коронавируса (47).Быстрые анализы бокового кровотока на антитела IgM и IgG, несомненно, будут играть важную роль в вспышке COVID-19 и должны позволить определить бремя инфекции, роль бессимптомных инфекций, количество основных репродуктивных функций и общую смертность. Однако общеизвестно, что ответы IgM неспецифичны, и, учитывая недели, необходимые для развития специфических ответов IgG, серологическое выявление вряд ли будет играть роль в активном ведении случая, кроме как для диагностики / подтверждения поздних случаев COVID-19 или для определения иммунитета здравоохранения. рабочих по мере развития вспышки.Культура клеток не рекомендуется для диагностических целей.

(ii) Выбор теста для молекулярного обнаружения SARS-CoV-2. Методы глубокого секвенирования со случайной амплификацией сыграли важную роль в первоначальной идентификации SARS-CoV-2 (48–52). Молекулярные методы глубокого секвенирования, такие как секвенирование следующего поколения и метагеномное секвенирование следующего поколения, по-прежнему будут необходимы для определения будущих мутаций SARS-CoV-2, но в настоящее время они непрактичны для диагностики COVID-19. Большинство молекулярных диагностических средств, разрабатываемых для диагностики COVID-19, включают в себя тесты ОТ-ПЦР в реальном времени, в том числе из США.S. Центры по контролю и профилактике заболеваний (53), Институт вирусологии Шарите в Берлине, Германия (7, 54), и Гонконгский университет (21, 55). Другие молекулярные методы разрабатываются и оцениваются во всем мире и включают опосредованную петлей изотермическую амплификацию, мультиплексную изотермическую амплификацию с последующим обнаружением микроматрицы и анализы на основе CRISPR (сгруппированные с регулярными интервалами коротких палиндромных повторов) (56).

(iii) Выбор мишени для анализов ОТ-ПЦР в реальном времени. Для молекулярного тестирования рекомендуется метод ОТ-ПЦР в реальном времени (6, 8–10).Основным преимуществом анализов ОТ-ПЦР в реальном времени является то, что амплификация и анализ выполняются одновременно в закрытой системе, чтобы свести к минимуму ложноположительные результаты, связанные с загрязнением продукта амплификации. Существует ряд коронавирусов, вызывающих респираторные и кишечные инфекции у человека (8, 57). Среди этих коронавирусов — группа коронавирусов летучих мышей, подобных SARS, включая SARS-CoV и SARS-CoV-2, которые составляют уникальную кладу подродом Sarbecovirus (57, 58).Коронавирусы имеют ряд молекулярных мишеней в пределах их положительного одноцепочечного генома РНК, которые можно использовать для ПЦР-тестов (6, 7, 57, 58). К ним относятся гены, кодирующие структурные белки, включая шип гликопротеинов оболочки (S), оболочку (E), трансмембранную (M), геликазу (Hel) и нуклеокапсид (N) (57-59). В дополнение к генам, кодирующим структурные белки, существуют вспомогательные гены, специфичные для вида, которые необходимы для репликации вируса. К ним относятся РНК-зависимая РНК-полимераза (RdRp), гемагглютинин-эстераза (HE) и открытая рамка считывания 1a (ORF1a) и ORF1b (7, 53–55, 57, 58).В Соединенных Штатах CDC рекомендует две белковые мишени нуклеокапсида (N1 и N2) (53), в то время как ВОЗ рекомендует скрининг первой линии с помощью анализа гена E с последующим подтверждающим анализом с использованием гена RdRp (7). Чан и др. только что разработали и сравнили эффективность трех новых анализов ОТ-ПЦР в реальном времени, нацеленных на гены RdRp / Hel, S и N SARS-CoV-2. Среди них анализ COVID-19-RdRp / Hel имел самый низкий предел обнаружения in vitro и более высокую чувствительность и специфичность (59).Однако вполне вероятно, что хорошо оптимизированные мишени возникнут из ряда местоположений вирусного генома, поскольку эффективность анализа обычно определяется конструкцией реагента, а не самой мишенью, поскольку вирусные гены присутствуют в равных количествах копий.

Чтобы избежать потенциальной перекрестной реакции с другими эндемичными коронавирусами, а также потенциального генетического дрейфа SARS-CoV-2, в анализ должны быть включены как минимум две молекулярные мишени. Различные исследователи в разных странах использовали ряд этих молекулярных мишеней для анализов ОТ-ПЦР в реальном времени.В Соединенных Штатах Центр контроля заболеваний (CDC) выбрал два локуса в гене нуклеокапсида, поскольку анализ с двумя мишенями, по-видимому, работает хорошо (53). В одном исследовании использовались две области последовательности (открытая рамка считывания 1b и белок нуклеокапсида), которые являются высококонсервативными среди сарбековирусов для начального тестирования ОТ-ПЦР в реальном времени (6). В другом исследовании, проведенном в Гонконге, Китай, для анализа ОТ-ПЦР использовались две мишени; первый использовал нуклеокапсид для скрининга с последующим подтверждением с помощью открытой рамки считывания 1b (55). В Германии были выбраны две молекулярные мишени (оболочка и РНК-зависимая РНК-полимераза) (7).В Китае на момент подготовки рукописи было срочно одобрено несколько молекулярных устройств (8). На сегодняшний день нет никаких указаний на то, что какой-либо из используемых участков последовательности предлагает уникальное преимущество для клинических диагностических исследований. Однако идеальный дизайн должен включать по крайней мере одну консервативную область и одну конкретную область для смягчения последствий генетического дрейфа, особенно по мере развития вируса в новых популяциях.

В Соединенных Штатах нормативные вопросы усложнили разработку и внедрение лабораторных молекулярных тестов для диагностики COVID-19.29 февраля 2020 года FDA выпустило новое руководство для лабораторий по разработке и внедрению молекулярных диагностических тестов COVID-19 до получения EUA. Лаборатории должны предоставить EAU в FDA в течение 15 рабочих дней после валидации. Более того, валидация должна включать типы образцов (например, носоглоточные, ротоглоточные или слюнные), которые будут использоваться в клинических условиях. Хотя эти новые нормативные требования не препятствовали развитию молекулярных лабораторных тестов для диагностики COVID-19, они действительно потребовали много дополнительной работы.На момент написания FDA США выдало довольно много EUA (https://www.fda.gov/medical-devices/emergency-situations-medical-devices/emergency-use-authorizations#coronavirus2019; по состоянию на 28 марта 2020 г. ).

Постаналитические выпуски. (i) Интерпретация молекулярных результатов. В Соединенных Штатах, первоначально, если обе из двух мишеней в анализе CDC (нуклеокапсидные белки N1 и N2) дают положительный результат, случай считается лабораторно подтвержденным (53). Значение порога цикла ( C _T ) меньше 40 определяется как положительный тест, а значение C _T 40 или более определяется как отрицательный тест.Значение C _T <40 только для одного из двух белков нуклеокапсида (N1 и N2) определяется как неопределенное и требует подтверждения повторным тестированием (53). В настоящее время в Китае для тестов с тремя мишенями положительные результаты для двух или более мишеней считаются положительными (60). Хотя были выявлены некоторые корреляции, вирусные нагрузки, определенные с помощью анализов ОТ-ПЦР в реальном времени, еще не должны использоваться для определения тяжести COVID-19 или для мониторинга терапевтического ответа (11–13, 61, 62). Однако низкие значения C _T , указывающие на высокую вирусную нагрузку, могут использоваться как показатель трансмиссивности (18, 63).

(ii) Испытание на излечение и испытание на инфекционность. Мониторинг пациентов с разрешенной пневмонией COVID-19 также может иметь важное значение с точки зрения того, когда они должны быть освобождены из изоляции и выписаны. Если выписанные пациенты по-прежнему выделяют жизнеспособный коронавирус, они могут заразить других людей (27). Поэтому в некоторых случаях рекомендуется карантин на срок до 1 месяца. Мазков NP и OP может быть недостаточно ни для теста на излечение, ни для теста на инфекционность (64), но это требует дальнейшего изучения.Один из подходов к тесту излечения заключался в демонстрации двух последовательных отрицательных тестов ОТ-ПЦР в реальном времени из ректальных мазков; это предположение основано на том факте, что SARS-CoV-1 был культивирован из стула во время вспышки SARS 2002-2003 гг. (26, 28, 31), а SARS-CoV-2 был культивирован из стула во время вспышки COVID-19 ( 16). Таким образом, ректальный мазок, положительный при проведении ПЦР в реальном времени, предполагает, что этот пациент может выделять жизнеспособный SARS-CoV-2 со стулом, тем самым оставаясь заразным (16, 24–28, 30–32).Однако совсем недавнее исследование 20 пациентов с COVID-19 показало, что инфекционный вирус не был выделен из образцов стула, несмотря на высокие концентрации вирусной РНК (14). Корреляция положительности ОТ-ПЦР в кале с выделением живого вируса из тех же образцов еще предстоит полностью исследовать.

(iii) Серология COVID-19. Члены семейства коронавирусов имеют четыре структурных белка: белки шипа (S), мембраны (M), оболочки (E) и нуклеокапсида (N).Два из этих белков, по-видимому, являются важными антигенными сайтами для разработки серологических тестов для обнаружения COVID-19. Серологические методы были сосредоточены на обнаружении сывороточных антител к S-белкам из шипа коронавируса (47). Спайк на оболочке коронавируса отвечает за связывание и слияние рецепторов и определяет тропизм хозяина и способность к передаче (57, 58). Белки S определяются геном S и функционально делятся на две субъединицы (S1 и S2). Домен S1 отвечает за связывание с рецептором, а домен S2 — за слияние.SARS-CoV и SARS-CoV-2 связываются с человеческим ангиотензин-превращающим ферментом 2, который обнаруживается на клетках дыхательных путей человека, почечных клетках и клетках желудочно-кишечного тракта (57, 65, 66). Другой белок, который, по-видимому, является важным антигенным сайтом для разработки серологических тестов для обнаружения COVID-19, — это белок N, который является структурным компонентом спирального нуклеокапсида. Белок N играет важную роль в вирусном патогенезе, репликации и упаковке РНК. Антитела к белку N часто обнаруживаются у пациентов с COVID-19 (67, 68), что позволяет предположить, что белок N может быть одним из иммунодоминантных антигенов при ранней диагностике COVID-19 (69).

Как упоминалось выше, были разработаны быстрые тесты бокового потока на антитела (IgM и IgG), вырабатываемые во время COVID-19 (70). Сероконверсия произошла через 7 дней симптоматической инфекции у 50% пациентов (всего 14 дней), но не сопровождалась быстрым снижением вирусной нагрузки (14). Серологические методы, когда они доступны, будут играть важную роль в эпидемиологии COVID-19 и в определении иммунного статуса бессимптомных пациентов, но вряд ли будут играть какую-либо роль в скрининге или диагностике ранних инфекций (14, 67, 68) .Однако серология может быть полезной для подтверждения диагноза COVID-19 (25).

Заключительные замечания. Продолжающаяся беспрецедентная вспышка COVID-19 во всем мире подчеркнула важность лабораторной диагностики инфекций коронавируса человека для ограничения распространения, а также для надлежащего лечения пациентов с серьезной инфекцией. В этом комментарии рассматриваются текущие вопросы, касающиеся такого тестирования на SARS-CoV-2. Например, мазок NP, а не OP рекомендуется для ранней диагностики или скрининга, поскольку он обеспечивает более высокую диагностическую ценность, лучше переносится пациентом и безопаснее для оператора.Мазок NP можно комбинировать с тампоном OP для повышения чувствительности, но для этого требуется вдвое больше мазков. В случае дефицита мазков NP, собранные самостоятельно слюны или смывы для носа могут быть использованы в качестве альтернативного типа образцов для эпидемиологического скрининга и для «хорошо обеспокоенных», которые являются бессимптомными людьми без истории воздействия, которые хотят пройти тестирование, чтобы быть уверенным. они не заражены. Затем мазки NP будут зарезервированы для госпитализированных пациентов; Тем, у кого результат теста отрицательный, может потребоваться отбор глубоких образцов мокроты или БАЛ.Необходимо понимать важность повторного тестирования или использования бронхоскопии у пациентов с тяжелым заболеванием, если первый скрининговый тест даст отрицательный результат. Роль ректальных мазков в тестировании пациентов с поздней инфекцией или в качестве теста на инфекционность / излечение в настоящее время недостаточно изучена, но требует неотложного внимания. Столь же недооценена необходимость широкого скрининга / тестирования с молекулярным тестированием и / или серологическим тестированием для определения истинного уровня смертности, а также других эпидемиологических маркеров.Наконец, невозможно переоценить важность быстрой разработки интегрированных молекулярных устройств с произвольным доступом в местах оказания медицинской помощи для точной диагностики инфекций SARS-CoV-2. Эти краткосрочные тесты (STAT) будут очень важны для принятия решений по ведению пациентов и инфекционному контролю в режиме реального времени, особенно при наличии других менее заразных форм пневмонии и ограниченности ресурсов респираторных изолятов. Эти тесты безопасны, просты и быстры и могут использоваться в местных клиниках и больницах, которые уже имеют необходимые инструменты и отвечают за выявление и лечение таких пациентов.

JCI — Добро пожаловать

Врожденный порок сердца — самый распространенный тип врожденных пороков, на который приходится треть всех врожденных аномалий. Используя полное экзомное секвенирование 2718 пациентов с врожденным пороком сердца и поиск в GeneMatcher, мы идентифицировали 30 пациентов из 21 неродственной семьи разного происхождения с вариантами двуаллельной фосфолипазы D1 (PLD1), у которых преобладали врожденные пороки сердечного клапана. Мы также связали рецессивные варианты PLD1 с изолированной неонатальной кардиомиопатией.Кроме того, мы установили, что p.I668F является вариантом-основателем среди евреев ашкенази (частота аллелей ~ 2%), и описали фенотипический спектр врожденных пороков сердца, связанных с PLD1. Миссенс-варианты PLD1 были чрезмерно представлены в областях белка, критических для каталитической активности, и, соответственно, мы наблюдали сильное снижение ферментативной активности для большинства мутантных белков в ферментативном анализе. Наконец, мы демонстрируем, что ингибирование PLD1 снижает эндотелиально-мезенхимальный переход, установленную основную раннюю стадию вальвулогенеза.В заключение, наше исследование обеспечивает более детальное понимание механизмов заболевания и фенотипической экспрессии, связанной с потерей функции PLD1.

Наджим Лахруши, Алекс В. Постма, Кристиан М. Салазар, Даниэль М. Де Смех, Флер Тьонг, Ленка Пихерова, Форрест З. Боулинг, Доминик Циммерман, Элизабет М. Лоддер, Асаф Та-Шма, Зеев Перлес, Линдер Бикман, Ахо Ильгун, Куинн Ганст, Мариам Хабаба, Дорис Шкорич-Милосавлевич, Виктор Странецки, Виктор Томек, Петер де Книжфф, Рик де Леув, Джамиль Ю.Робинсон, Сабрина К. Берн, Хиба Мустафа, Мэтью Амброуз, Тимоти Мосс, Дженнифер Джейкобер, Дмитрий М. Ниязов, Барри Вульф, Кэтрин Х. Ким, Сара Черни, Андреас Русунидес, Афродита Аристиду-Каллика, Джордж Тантелес, Брюэль Анж-Лайн , Анн-Софи Деномме-Пишон, Кристин Франканнет, Дамара Ортис, Моник К. Хаак, Аренд DJ Ten Harkel, Gwendolyn TR Manten, Annemiek C. Dutman, Katelijne Bouman, Monia Magliozzi, Francesca Clementina Radio, Gijs W.E. Сантен, Йоханна К. Херкерт, Х. Алекс Браун, Орли Элпелег, Морис Дж.Б. ван ден Хофф, Барбара Малдер, Майкл В. Аирола, Станислав Кмох, Джои В. Барнетт, Салли-Энн Клер, Майкл А. Фроман, Конни Р. Беззина

PeerJ

Распределение цитирования за 3 года 30 дней до принятия первого решения

* 3-летнее распределение рассчитано на основе статей, опубликованных между 30 и 36 месяцами назад.

Распределение цитирования за 3 года 35 дней до принятия первого решения

* 3-летнее распределение рассчитано на основе статей, опубликованных между 30 и 36 месяцами назад.

Недавно процитированное

Раскрытие видового разнообразия подземных грызунов на краю света: три новых вида патагонских туко-туко (Rodentia, Hystricomorpha, Ctenomys )

Биоразнообразие Генетика Таксономия Зоология

10 цитирований · 1,958 просмотров · 311 загрузок

Ридеограмма : рисование SVG-графики для визуализации и сопоставления общегеномных данных на идиограммах

Биоинформатика Наука о данных Графика Визуальная аналитика

31 цитирование · 3,743 просмотров · 896 загрузок

Влияние искусственного интеллекта в медицине на будущую роль врача

Офтальмология Радиология и медицинская визуализация Взаимодействие человека с компьютером Интеллектуальный анализ данных и машинное обучение Наука о данных

29 цитирований · 6,079 просмотров · 1,340 загрузок

Штаммы Paenibacillus с азотфиксацией и множеством полезных свойств для стимулирования роста растений

Сельскохозяйственная наука Микробиология

12 цитирований · 1,316 просмотров · 780 загрузок

Пейзаж и прогностическая ценность инфильтрирующих опухоль иммунных клеток при раке желудка

Биоинформатика Гастроэнтерология и гепатология Иммунология Онкология

7 цитирований · 1,297 просмотров · 397 загрузок

Глобальный музей: коллекции естествознания и будущее эволюционной науки и народного образования

Биоразнообразие Экология Эволюционные исследования Научная политика Биосферные взаимодействия

15 цитирований · 6,399 просмотров · 1,354 загрузки

Переназначение лекарств на основе транскриптома хозяина для лечения COVID-19: подход, основанный на метаанализе

Биоинформатика Вирусология

7 цитирований · 3,239 просмотров · 839 загрузок